醫院各部門在展開策略地圖時，通常需要從醫院整體策略地圖中挑選 12 至 15 個策略目標。這個數量的選擇旨在確保部門策略與醫院的整體策略方向一致，並有足夠的目標來涵蓋部門的主要職責範圍。此外，醫院的各個部門還會基於自身的獨特性，額外設定專屬的策略目標，例如研究部門可能會側重於創新開發相關的策略目標。
當部門結構複雜或策略目標範圍過於廣泛時，部門主管需要進一步設定範圍較小的「內部目標」，並將這些目標分配給不同的負責人員。這樣的做法能夠確保策略更有效地向下傳達，並在基層得到切實的執行。透過細分目標，可以更容易地追蹤進度並調整策略，從而提高整體執行效率。
以台大醫院為例，在 2009 年策略成長營後，醫院確立了「健康守護、醫界典範」的願景，並提出了「感動的服務」的顧客構面策略主題。為了使這個主題更具體，醫院制定了「強化和消費者之間的溝通」、「提供整合性的醫療照護」、「客製化的醫療服務」等更具體的策略目標。各部門需承接這些目標，設計符合自身單位特性的策略地圖及執行流程，以引導醫院朝目標前進。
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