截至2020年4月25日，台灣敦睦艦隊群聚感染共累計31人確診。這31例確診案例皆為敦睦艦隊的官兵。中央流行疫情指揮中心將這些案例統稱為敦睦艦隊案例，並未將其歸類為本土或境外移入。
為了應對此事件，指揮中心公布了敦睦艦隊確診個案的活動足跡地圖，包含了近百處公共場所。指揮中心提醒曾到過這些地點的民眾進行自主健康管理，外出配戴口罩，如有不適則撥打1922防疫專線，並於就醫時主動告知活動暴露史。此外，指揮中心也針對與確診者在同一時段、同一地點停留超過15分鐘的21萬民眾發送簡訊，要求其自主健康管理。指揮官陳時中表示，未收到簡訊的民眾表示離確診者較遠，無需過度擔心。
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