張善政在推動開放資料時，主要遇到的困難在於各部會對於開放資料的意願以及個資顧慮。雖然蔡玉玲政委已針對個資顧慮部分做出詳細解釋，但各部會是否願意配合仍是一大挑戰。特別是在涉及敏感資訊的單位，如中選會，初期對於開放選舉資料抱持較為保守的態度。
中選會最初以選舉公報內含個資為由，不願開放選舉資料。當時的中選會主委張博雅認為，選舉資料中包含的學經歷等資訊涉及個人隱私，因此不宜公開。張善政則解釋，選舉公報的資訊實際上可透過報紙等公開資料蒐集，並非隱私資訊。
最終，在陳文生教授接任中選會副主委後，中選會逐步開放資料。2016 年總統及立委選舉期間，中選會以 OPEN API 的方式提供選舉區、投票人數、投開票所、選舉公報等資訊。此外，張善政認為，整體來說推動開放資料最成功的例子是高速公路的 ETC 資料，高速公路局仔細評估資料欄位，排除個資顧慮的問題後，將之全部開放資料，目前可能是中央部會開放的資料量最大、應用潛力也很高一項重要資料。
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