《數位時代》編輯部在進行「台灣企業網站五十強」排名時，於Alexa資料庫中撈取台灣網站資料時，優先以.com.tw網址作為排名依據，主要考量是為了突顯以「台灣企業網站為主」的流量觀察。由於部分本土企業與外商同時擁有.com及.com.tw兩種網址，編輯部希望透過優先採用.com.tw網址，更精確地反映台灣本土企業在網路世界的流量表現。
然而，編輯部在實際操作後發現，此一原則並未能適切反應中時電子報在市場上的真實狀況，進而導致《數位時代》一月號中的排名結果出現部分偏差。原先排名以 www.chinatimes.com.tw 在Alexa上的統計資料為基礎，但若以中時電子報正式註冊網址 www.chinatimes.com 來進行排名，則中時電子報應名列第二。
針對此一疏失，《數位時代》編輯部已公開致歉，並在更正後的排名中將中時電子報列為第二名。編輯部強調，中時電子報是企業網站五十強榜單中最早開始經營網站的先行者，透過長期經營網路社群、名人部落格以及影音整合等方式，在網路領域取得了顯著的成就。此事件顯示，在進行網站流量分析時，需綜合考量企業的實際運營狀況和網址使用策略，以確保排名的準確性和公正性。
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