Visa Token 服務的核心在於將敏感的真實信用卡號轉換為一組非敏感的代碼（Token），藉此保護消費者的支付資訊。當消費者使用信用卡進行交易時，實際傳輸的是 Token 而非真實卡號，如此一來，即使交易資料被截取，駭客也無法直接取得消費者的信用卡資訊。只有 Visa、發卡銀行以及聯合信用卡中心等授權機構才能將 Token 還原為真實卡號。
以消費者在 Sogo 百貨使用綁定中國信託信用卡的 iPhone 透過 Apple Pay 消費為例，交易流程如下：商家讀取到消費者的 Token 後，將 Token 傳輸給收單機構，收單機構再將其轉給聯合信用卡處理中心（NCCC），最後由 NCCC 將 Token 傳給 Visa。Visa 接著執行「De-Token」（代碼解碼），將 Token 轉換為真實卡號與代碼，並將資訊提供給發卡銀行，以便驗證消費者的身分。在發卡銀行與聯信中心確認消費者資料後，Visa 會再次進行「Re-Token」（重建代碼）流程，將真實卡號轉換回 Token，並透過聯信中心將 Token 傳回給收單機構，最終完成整個 Apple Pay 交易流程。
針對台灣央行對 Visa Token Service 在個資與效率議題上的疑慮，Visa 台灣區總經理曾公開回應指出，Visa 不知曉刷卡者身分，因此沒有個資疑慮；Token 服務是「免費」的，不會增加金融業者的成本；伺服器地點不影響效率，Visa 不會為台灣建伺服器。此外，Visa 認為政府不應過度管制，Apple 與 Google 等科技業者應有最終選擇權，由科技業者與銀行業者自行選擇適合的服務提供者。
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