LINE Pay 的主要營收來自向商家收取的 3% 交易手續費。然而，大型連鎖通路通常有多種支付方式可選擇，例如現金、信用卡等，這些方式的手續費可能更低。因此，對於大型通路而言，行動支付並非不可或缺。LINE Pay 在向這些大型通路收取 3% 手續費時，面臨著議價上的挑戰。由於大型連鎖通路的交易量佔比較高，它們更有可能要求較低的費率，進而影響 LINE Pay 的平均手續費率。
若 LINE Pay 的平均手續費率低於 3%，再加上多數交易透過信用卡支付，還需額外支付給銀行的收單手續費。在扣除這些成本後，LINE Pay 在每筆交易中實際賺取的利潤空間可能不到 1%。過去，即使提供 1% 的交易回饋，都可能導致每筆交易利潤由正轉負，形成交易量越大虧損越多的局面。這使得 LINE Pay 在維持市場競爭力的同時，也必須審慎評估其定價策略。
截至 2021 年 3 月，LINE Pay 在台灣的累計用戶數已突破 900 萬。在達到一定用戶規模後，LINE Pay 開始調整行銷策略，捨棄過往大規模補貼的做法，轉而採取「LINE Pay 新生活提案」等方式，選定特定領域與商家合作行銷。此舉旨在提升利潤空間，同時更精準地拓展市場，並深化與特定產業的合作關係。透過更精細的市場區隔和合作模式，LINE Pay 試圖在競爭激烈的支付市場中找到更穩固的立足點。
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